جامع العلوم ملتان ایک خودمختار دینی و تعلیمی ادارہ ہے جو کسی ایک فرد یا خاندان کی ملکیت نہیں۔ ادارے کے انتظامی اور اہم فیصلے تقریباً بیس سے پچیس اراکین پر مشتمل مجلس انتظامیہ کی باہمی مشاورت سے کیے جاتے ہیں۔ ہر معاملہ مجلس کے سامنے پیش کیا جاتا ہے اور منظوری کے بعد ہی اس پر عمل درآمد ہوتا ہے۔ یہی شورائی نظام ادارے میں شفافیت، ذمہ داری اور اجتماعی قیادت کی بہترین مثال ہے۔